Tras perder a Saber a manos de la Sombra y quedar fuera de la contienda como Master, Shirou se niega a mantenerse al margen. Con la Quinta Guerra del Santo Grial sumida en el caos y consumida por una corrupción sin precedentes, Shirou decide renunciar a su ideal de convertirse en un héroe de la justicia para dedicarse a ser el protector exclusivo de Sakura. Mientras la verdadera e inquietante naturaleza de la amenaza sale a la luz, el vínculo entre Shirou y Sakura se profundiza en medio de una inminente tragedia.