El mundo paralelo se muere y ya no es capaz de sostener la vida. La familia Ainsworth busca utilizar el Santo Grial para salvar a la humanidad, pero el precio de esa salvación es el sacrificio de Miyu. Mientras Shirou lucha hasta el límite para proteger a su hermana, Illya debe intervenir para encontrar una alternativa que rescate a Miyu sin condenar al planeta a la ruina inminente.